原則、1年単位の変形労働時間制は1度定めると対象期間の途中で定めた労働時間や休日を変更したり、解約できませんが、新型コロナウイルス感染症の影響で当初の計画通り変形労働時間制を実施することが著しく困難な場合に限り、特例的に変形労総時間制の途中での労働時間や労働日の変更や、解約が可能との解釈が示されています。

変更や解約が可能となる事業所の要件、手続きの流れにつきましては、下記のリーフレットをご参照ください。

新型コロナウイルス感染症対策に伴う変形労働時間制の労使協定の変更、解約について（厚生労働省）

https://jsite.mhlw.go.jp/shiga-roudoukyoku/content/contents/000616115.pdf